Çoğu çalışmada,örneklerin kesin anatomik bölgeleri verilmez ve bu nedenle hpv enfeksiyonun kökenini ( oral / oro farengeal:ağız içi/ ağız boğaz boşluğu )izlemek imkansızdır.
Numuneler; mukozal kalıntılar , ağız durulamaları,veya doku biyopsileri olarak elde edilir

Özellikle ihmal edilen önemli bir husus;
Tükürükteki( diğer ve başka ) mikrop yükü çok yüksek olduğundan ,analizlerden önce saatlerce oda sıcaklığında tutulduklarında Hpv DNA sı maskelemiş ve tespiti zor olur

Bakteri üremesini önlemek için , %80 alkol ile muamele edilip ve -80 derecede örnek saklanması sağlanmalıdır

Purifiye (saflaştırılmış ) PCR testi , Hpv tespit oranını artırır.
Özellikle numunedeki hücre sayısı optimal ( istenen) sayıda olmadığında ve hücre başına düşen viral yük/viral kopyalama çok düşük olması beklendiğinde kullanılmalıdır